Для микроскопического исследования из кусочка угля вырезается так называемый шлиф, то-есть пластинка толщиной в несколько сотых миллиметра. Шлиф прикрепляется специальным клеем к предметному стёклышку микроскопа. Шлиф освещается снизу, как любые достаточно прозрачные предметы, и рассматривается в проходящем свете.
Однако некоторые виды угля дают непрозрачные шлифы. Академик А. П. Карпинский разработал оригинальный метод исследования таких углей. Он приготовлял аншлифы — особым образом отполированные куски угля, которые хорошо отражают свет и рассматриваются под микроскопом при освещении их сбоку.
В некоторых угольных пластах попадаются каменистые куски. Они имеют обычно округлую форму и называются известковыми почками. Русский учёный М. Д. Залесский объяснил происхождение известковых почек отложением железняка и песчаника вокруг листьев, стеблей, корешков и других частей растений. Изучение шлифов, изготовленных из «известковых почек», показало, что части окаменевших растений, заключённые в почках, сохранили мельчайшие подробности своего строения.